Богоявленский собор в Томске основан на месте деревянной церкви 1633 года, неоднократно страдавшей от пожаров. В 1777 году началось строительство каменного храма: нижний этаж освятили в 1784 году, полностью строительство завершили в 1817 году. Собор выполнен в стиле сибирского барокко, имеет два этажа и четыре престола.
Знаковым событием в его истории стало объявление о создании Томской губернии в 1804 году — именно в стенах этого храма. Позднее при соборе открыли церковно-приходскую школу и мужскую гимназию. В 1930 году храм был закрыт. Во время войны в нём размещался эвакуированный завод, а позднее — завод резиновой обуви, что нанесло серьёзный ущерб зданию.
Возвращение храма началось в 1994 году, а в 2003-м, после реставрации, он был вновь освящён. С 2006 года при соборе работает воскресная школа. В 1997 году здание было признано памятником истории и культуры.