История Богоявленского собора начинается с небольшой деревянной Богоявленской
церкви, построенной в 1633 г., и называлась она Христокрещенской. Храм неоднократное
количество раз страдал от пожаров, но каждый раз его восстанавливали. 31 декабря 1776
г. было принято решение о строительстве новой каменной церкви.
Церковь заложили в 1777 г. немного западнее от прежней деревянной. Строительство шло
неравномерно ввиду отсутствия постоянного источника финансирования за исключением
пожертвований. Нижний этаж каменной церкви был достроен и освящён в ноябре 1784 г.
Строительство верхнего предела растянулось на 40 лет и было завершено только в 1817 г.
Достроенная каменная церковь была двухэтажной, четырёхпрестольной, с пределами и
колокольней. Выполнена в стиле сибирского барокко. Нижние пределы храма были
названы в честь Богоявления Господня и во имя архангела Михаила, а верхние —
Ильинский и Спасский.
Богоявленский собор имеет особое значение для Томска. Будучи ещё недостроенным, в
1804 г. томский губернатор Василий Семёнович Хвостов выбрал этот храм для
объявления о таком важном событии, как появление Томской губернии.
В декабре того же года на праздник Крещения Господня в храме собрался весь город. На
службе присутствовал сам епископ и почти всё городское духовенство. По завершении
праздничной службы все отправились на "Иордань" (т.е. "прорубь), которую организовали
на реке Ушайке и украсили её еловыми ветвями. Такие крестные ходы продолжались
вплоть до 30-х годов 20-го столетия. В 1892 г. при храме было создано церковно приходское попечительство, а уже в 1898 г. - одноклассная приходская школа. К 1911 г. в
школе насчитывалось 87 учеников (обоих полов), а к 1914 г. — 84. Также на попечении
храма находилась Губернская мужская гимназия.
В 1920 г. храм был национализирован, а через девять лет закрыт. Службы в храме велись
вплоть до 1930 г., после чего здесь функционировали курсы «Сибжелдорстроя».
В годы войны помещение храма было переоборудовано под эвакуированный московский
завод «Красный богатырь», который находился там вплоть до 1946 г. В период с 1947 по
1994 гг. здание храма занимал Томский завод резиновой обуви.
Стоит отметить, что за этот период здание сильно пострадало: были сняты колокола,
сорваны кресты с храма, разрушены завершения колокольни и храмовой части, были
сделаны пристройки и утрачен восьмерик с куполом, изменены формы окон и срублен
декор.
Возвращение Богоявленского кафедрального собора началось в 1994 г. В том году из
здания храма был выселен завод резиновой обуви, а сама Богоявленская церковь перешла
в бессрочное пользование Русской православной церкви. Чтобы вернуть храму прежний
облик начались демонтажные работы заводских пристроек, на что у рабочих ушло
несколько лет.
В январе 2000 г. епископом Томским Ростиславом был освящён первый восстановленный
предел архангела Михаила и совершено первое богослужение. В конце июня 2001 г. были
установлены новые 11 колоколов. По окончании всех реставрационных работ в январе
2003 г. состоялось торжественное богослужение и освящение собора. В 2006 г. при храме
заработала воскресная школа.
В феврале 1997 г. церковь была взята на государственный учёт как выявленный памятник
истории и культуры.