В Якутском Спасском мужском монастыре располагалась резиденция епископа Якутского и Вилюйского. В 1912 году во время пожара сгорел деревянный архиерейский дом. На очереди дня встал вопрос о строительстве нового каменного здания, предназначенного для канцелярии, проживания и ведения службы архиереем. Проект здания составил областной архитектор К. А. Лешевич. К возведению двухэтажного каменного здания приступили в 1913 году.
Поскольку строительные работы велись на месте монастырского кладбища, во время закладки ленточного фундамента были затронуты древние могилы. В связи с началом Первой мировой войны строительство шло с перерывами. В 1920 году решением советских властей Якутская епархия была упразднена. Здание было передано в баланс Якутского горсовета. К тому времени коллекции Якутского музея настолько разрослись, что помещение, выстроенное в 1911 году, стало крайне тесным. Поэтому по решению правительства Якутской АССР было приступлено к достройке бывшего архиерейского здания, которая обошлась в 30 000 рублей и была закончена 11 февраля 1926 года. Переезд музея в это здание, которое он занимает и поныне, состоялся 16–21 апреля 1926 года.
С конца 90-х годов XX века начались строительные работы двухэтажного каменного пристроя, которые были завершены в 2003 году.