Считается, что дом был построен в конце XIX - начале XX века. Однако первоначально он имел другой вид, хотя и был двухэтажным и имел схожую компоновку. В 1902-07 гг. на втором этаже здания размещалась музыкальная школа Камиллы Томашинской. В 1908 году участок с домом приобрел детский врач Валерьян Иванович Васильков. Он должен был снести старый дом и отстроить новый. Однако, скорее всего, этого не сделал и при строительстве нового дома за основу был взят старый сруб. Также доподлинно неизвестен и автор проекта нового дома в стиле модерн. По одной из версий это Викентий Оржешко - автор ряда шедевров томского деревянного модерна. Васильков владел домом до 1915 года.
В 1978 году дом включен в список объектов культурного значения регионального значения. Последняя реставрация и ремонт были проведены в 2000-х гг. В при этом в фасаде были изменены или утрачены некоторые элементы. Но в целом общий вид дома сохранился.