История появления Богородице-Алексеевского монастыря берёт своё начало с самого
основания города Томска. Монастырь был основан в 1605 г. при устье реки Киргизки, что
находилась в девяти верстах от Томского острога. Однако в первый год своего
существования монастырские строения и сама церковь были разрушены льдом во время
весеннего ледохода, после чего монастырь был перенесён вверх по течению реки. К
сожалению, уже в 1656 г. пожар уничтожил храм, а его восстановление отложили на
долгий срок из-за отсутствия финансов.
В 1663 году строительство храма на новом месте завершил новый настоятель - Схиигумен
Исаия. Новая обитель располагалась рядом с церковью во имя Алексея Человека Божия на
Юрточной горе. Обитель и церковь объединились в Богородице-Алексеевский монастырь,
который находился на ул. Монастырской (в современности ул. Крылова). Постройка
занимала север почти не заселённой на тот момент Юрточной горы, и включала храм,
колокольню, кельи и больницу. Последняя была обнесена деревянной оградой, а за ее
пределами располагались дома рабочих, помещение для скота, выгон и огороды.
С момента своего основания монастырь становится крупным миссионерским центром. К
началу 18-го века обитель владела большими земельными угодьями и имела свой
рыболовный промысел, который не только кормил весь монастырь, но и обеспечивал
торговлю. Доходы от продажи рыбы приравнивались к продажам хлеба со всех
монастырей. В 18 веке на территории монастыря была основана русская школа, первое
русское духовное училище, заработала русско-латинская гимназия, а также первая
больница.
После реформы 1764 г. монастырь лишился большей части своих земель, и его
причислили к разряду третьеклассных монастырей с казённым жалованием. С 1835 г.
монастырь являлся резиденцией томских архиереев. В 1830-х годах вокруг монастыря
впервые была возведена каменная ограда с главными и экономическими воротами и
угловыми башнями, что придало монастырю величественный вид. В юго-восточной
башне находилась антиминсная часовня, в которой совершались поминальные службы.
Другая старинная часовня располагалась на монастырском кладбище. Самой настоящей
достопримечательностью стал сад, устроенный трудами епископа Афанасия, который был
разбит в южной части обители. Он украсил сад кедром, тополем, пихтой, черёмухой,
рябиной и акацией, вырыл небольшой пруд. Со своим озером, горой, монашескими
кельями и кладбищем он представлял символический образ Святой Палестинской земли.
В 1860-х годах была построена каменная колокольная, на которую был водружён 303-х
пудовый колокол. Во втором ярусе колокольни разместили архив и хранилище
монастыря. Главными святынями выступили ковчег с частью Гроба Господня и частицами
мощей 26 святых и запрестольная местночтивая икона Казанской Божией Матери.
На территории монастыря захоронен старец Фёдор Томский (Фёдор Кузьмич), который по
легенде являлся императором Александром 1. Сегодня существуют как доказательства,
так и опровержения данной теории.
После революции монастырь долго не простоял — был закрыт в 1923 году, после чего
началось уничтожение монастыря. Большая часть монахов, защищавших свою обитель,
была отправлена на гору Каштак и расстреляна.
Через некоторое время территория монастыря перешла во владения Педагогического
училища №2 и была застроена новыми домами. Колокольня и часовня над могилой старца
Фёдора Кузьмича была разобрана на кирпичи для строительства других зданий в городе.
В годы войны на территории обители располагались мастерские по пошиву военного
обмундирования и школа санитарных инструкторов.
В 60-х годах монастырь лишился угловых башен и святых врат обители. В 80-х годах
монастырский комплекс пытались восстановить, как музей, но закончить работу до конца
не удалось. В 1992 году храм вновь заработал. С конца 1990-х на его территории
функционирует общедоступная библиотека духовной литературы и воскресная школа.
В настоящий момент на территории монастырского комплекса можно увидеть следующие
постройки: Храм Казанской иконы Пресвятой Богородицы, Старый корпус, Северный
корпус, Храм при вратах, часовня старца Фёдора Кузьмича и Трёхсвятительский храм.7.