Объект находится в центральной части города в историческом районе «Юрточная гора».
Здание построено в 1894-1896 гг. по проекту архитектора Виктора Васильевича Хабарова для церковно-приходской школы с миниатюрной звонницей для проведения литургий и обучения семинаристов.
С 1923 по 1944 гг. в здании находилась внутренняя тюрьма Томского ОГПУ-НКВД. Территория, прилегающая к зданию, служила внутренним двором тюрьмы, где в настоящее время расположен Сквер Памяти.
13 июня 1989 г. в подвале здания, где ранее располагались камеры, открылся мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД», посвященный истории массовых репрессий в СССР.
В 2022 году в музее была проведена реконструкция. Обновленный музей получил дополнительные площади, где были размещены: новая постоянная экспозиция, выставочный зал, центр документации и рабочие места для научных сотрудников музея.