Приход основан в 1896 году. По преданию костел во имя Покрова Пресвятой Богородицы поставлен на месте первой деревянной церкви города Томска 1604 году во имя живо начальной Троицы. Современное здание построено в 1833 году по инициативе ксендза Религия Афанасевича на средства и трудами прихожан. В 1863 году пристроено с левой стороны каменное отделение для ризницы. Костел был значительно расширен в 1896 году инженером Хомичем по инициативе ксендза К.В. Громадского. Костел стоит на Воскресенской горе, эффективно возвышаясь над центральной частью города и является высотной доминантой застройки близлежащих улиц.