Здание построено в 1838 – 1842 гг. по проекту Алексея Петровича Деева в стиле русского классицизма. В 1886 г. было открыто строительное отделение губернского правления, а в 1890 – тюремное. В марте 1917 г. Томское губернское правление ликвидировано.
С декабря 1917 г. в здании располагалась Томская Губернская Земская управа - высший исполнительно-распорядительный орган Томской губернии. Позднее в здании располагался Совет народного хозяйства, после его ликвидации находился Губместхоз.
С 1928 г. и по настоящее время в здании находится Сибирский физико-технический институт (СФТИ) при Томском университете. В 1965 г. институту было присвоено имя известного советского физика Владимира Дмитриевича Кузнецова.
Здание Сибирского физико-технического института им. Кузнецова – одно из первых научно-исследовательских институтов в Сибири.
На государственную охрану в качестве объекта культурного наследия федерального значения поставлен в 1995 году.