В 1920-е годы собор был захвачен обновленцами, 8 февраля 1940 года был закрыт властями и стал складским помещением Поросинского спирт завода. 19 октября 1944 года храм был возвращен РПЦ, открыт в 1945 и долгое время оставался единственным действующим православным храмом Томска.