Музей деревянного зодчества создан и действует в качестве отдела Томского областного художественного музея. Размещается отдел в бывшем особняке гражданского инженера А. Д. Крячкова, внесшего значительный вклад в формирование архитектурно-художественного облика Томска. Здание музея – памятник деревянного зодчества федерального значения, представляющий собой один из ярких образцов модерна.