Монастырь в честь Новомучеников и исповедников Церкви Русской был основан при храме Всех святых, размещённом в здании бывшего кинотеатра «Луч» в Новосибирске. Храм был освящён 31 декабря 1993 года.
Монашеская община начала формироваться в 1996 году, а 6 октября 1999 года, по благословению Патриарха Алексия II и решению Священного Синода, приход получил статус монастыря. Обитель названа в память о христианах, пострадавших за веру в годы гонений.