В середине XVI в. боярин Н.Р. Юрьев – дед первого царя из династии Романовых, Михаила Федоровича, – стал владельцем палат купцов Ховриных, выстроенных в конце XV в. В 1858–1859 гг. архитектор Ф.Ф.Рихтер по указу императора Александра II разработал проект реставрации здания для основания в нем музея «Дом бояр Романовых». К тому моменту от неоднократно перестроенных первоначальных палат сохранились белокаменный подклет XV в. и элементы объемно-планировочной структуры XV-XVI вв. Фасады Рихтер оформил в духе русской архитектуры XVI-XVII вв., в интерьерах с помощью подлинных предметов была воссоздана обстановка боярского дома XVII в.: изразцовые печи, серебряная и расписная посуда, шитье, женские украшения, сундуки, коробья, мебель того времени, старинные книги, прекрасные росписи на стенах. С 1932 г. музей входит в комплекс Государственного исторического музея.
В 2017–2018 гг. были выполнены ремонтно-реставрационные работы по замене окрытия кровли с раскладкой листов аналогично существующей раскладке, реставрации металлических печных труб на крыше, оконных и дверных проемов, входной каменной лестницы со львами на постаментах, реставрации скульптурных композиций с изображением герба Романовых в тимпанах кокошников входной группы и балкончика восточного фасада. В ходе реставрации подлинные элементы памятника сохранены в максимальном объеме, воссоздание утраченных элементов выполнено по аналогии с существующими по старинным технологиям.