Юрьевецкий историко-художественный музей был основан в 1925 году. Первым директором учреждения стал краевед А. И. Батуев. С 1938 года экспозиция музея размещалась в Богоявленской церкви, однако в 1986 году, после передачи храма в Епархию, музей был закрыт, а его коллекции перемещались между разными зданиями. В 1999 году музей вновь открылся в бывшем доме купца и городского головы А. Л. Флягина, построенном в 1903 году. Во время Великой Отечественной войны это здание использовалось как начальная школа, где учился будущий кинорежиссёр Андрей Тарковский.