Демонстрационно-учебный центр «Ковчег» — изюминка и гордость Ярославского зоопарка. Коллекция центра включает в себя более 200 видов животных. Здесь представлены экспозиции растений, беспозвоночных животных, пресмыкающихся и земноводных, рыб, млекопитающих, птиц. Как и на открытой территории, в ДУЦ «Ковчег» есть контактный сектор, где все желающие могут поближе познакомиться с некоторыми животными, пообщаться и потрогать их.