Церковь Николы Пенского была построена в период с 1689 по 1890 год. Храм был освещен в честь Николая Чудотворца, как и многие другие храмы города, поэтому чтобы отличать этот храм для других, церковь назвали Пенской по названию окрестной территории- Пенье. Это название на самом деле не музыкальное - так этот район назвали по большому количеству пней, которые пришлось выкорчевывать, чтобы освободить место для строительства церкви.
Церковь Николы Пенского признана памятником регионального значения, что подчеркивает её историческую и культурную значимость для региона. В Советское время именно этот храм был единственным в городе, не прекращавшим работу.