По свидетельству летописи, 9 июля 1536 года «во граде Ярославле загореся церковь Николая Чудотворца и оттого сгорел весь град». Летописец не указал местность этой церкви; но устное предание говорит, что нынешняя церковь Николы Надеина находится именно на том месте, с которого начался тогда пожар. Церковь эта, без сомнения, была деревянной. После пожара построена была на том же месте новая деревянная же церковь, посвященная Благовещению Пресвятой Богородицы. Известия об этом храме темны. В начале июня 1620 года по инициативе и на средства Епифания Андреевича Светешникова, более известного под именем Надея, начинается возведение нового храма, который должен был заменить древнюю деревянную церковь Благовещенья. По существовавшей традиции, при перестройке храма соблюдалась преемственность посвящения престола. Эта традиция была нарушена, вероятно, по желанию заказчика, и главный престол освятили в честь святого Николая Мирликийского или Николы Угодника — самого почитаемого на Руси святого. Поскольку святой Николай считался главным покровителем путешествующих, желание Надеи Светешникова получить защиту Божьего Угодника в своих многочисленных и часто весьма рискованных коммерческих операциях, было вполне закономерным. «Законность» переосвящения храма была подтверждена местным преданием о явленной иконе Николая Чудотворца: ее прибило волжской волной к правому берегу реки напротив строящегося храма.