Прежнее наименование – Никольская кладбищенская церковь. Построена на средства купца И.Я. Шилова-младшего в 1852 г. Освящена в том же году архиепископом Камчатским, Курильским и Алеутским Иннокентием, впоследствии митрополитом Московским и Коломенским. В ограде Никольской церкви хоронили умерших горожан всех сословий: от высших чинов областного управления до ссыльных разных категорий. Вплоть до 1939 г. в ней осуществлялась церковная служба. Здание затем было передано партийному архиву Якутского ОК ВКП(б). В 1980-е гг. в нем размещался республиканский библиотечный коллектор. В 1993 г. передана во вновь образованную Якутскую епархию. Ее посетил патриарх Московский и Всея Руси Алексий П. В том же году произведен капитальный ремонт с заменой части ленточного фундамента, пола. Устранены трещины в стенах. Заменены главки храма и приделов. Установлены колокола и с 1995 г. в ней началась церковная служба.
Никольская церковь подлежит обязательному сохранению как единственный православный храм в Якутии, сохранивший все объемы и декор без утраты за 160 лет эксплуатации. Представляет яркий пример северного культового зодчества. Здание Никольской церкви, построенное на вечной мерзлоте, заключает в себе яркий пример северного культового зодчества и имеет оригинальную архитектуру середины XIX в.