Консисторским корпус стал называться уже в XIX веке, когда сюда перевели сильно разросшееся к тому времени епархиальное управление. Построено же здание при архиепископе Пимене между 1740-м и 1753 годом. Тогда оно было ещё одноэтажным. В 1770-х годах при епископе Вологодском Иосифе Золотом надстроили второй этаж и отдали помещение духовной семинарии.
Во второй половине XIX века корпус сильно перестроили, с фасадов убрали эффектные фигурные наличники. Первоначальный внешний вид корпуса был иным и почти наверняка был выдержан в стиле барокко.