В 1898 годы была образована Владивостокская епархия, которая до этого была частью Камчастко-Благовещенской.
Владивостокская духовная консистория появилась в 1899 году как следствие укрепления епархии в городе.
В 1913 году для нужд Консистории было построено новое здание на Пологой, 65.
При переходе к советской власти здание национализировали. В разные годы здесь располагались школа, Владдорблагоустройство, городской совет народного образования.
При воссоздании Владивостокской епархии в 1991 году здание было возвращено православной цкркви.
Сейчас в здании располагается центр подготовки церковных специалистов Владивостокской епархии и детская воскресная школа.