Храм построен на месте одноимённого деревянного храма, который сгорел в 1508 году. Строительство заказал и оплатил Иван Сырков — родоначальник московской купеческой фамилии. Церковь была фамильной для семьи Сырковых и стала первым архитектурным памятником, появившимся в Новгороде после присоединения города к Москве.
В 1536 году в церкви устроили придел Евангелиста Матфея, затем к основному зданию пристроили и в 1539 году освятили тёплый придел Сретения Господня. В конце XVI века в складах церкви хранилась часть казны Ивана Грозного.