Пятиглавая церковь с каменной колокольней у южной стены Свято-Троицкого мужского монастыря построена для увековечения имени императора Петра I. К 1741 г. закончено строительство восьмигранной шатровой колокольни высотой около 39 м, первоначально стоявшей отдельно от Петропавловской церкви, позднее соединённой с ней двухэтажным строением, в котором располагались духовное правление и ризница. После того как монастырь был в 1924 году закрыт церковь Петра и Павла пребывала в запустении. В 1988 г. после реставрации в ней разместился Музей ремёсел Тюмени, переименованный в затем в Музей - церковь Петра и Павла. В 1996 г. монастырь передан Тобольско-Тюменской епархии.