В 1865 году был приобретен свиток Торы, и в арендованном доме по Затеевскому переулку открылась временная «молитвенная школа», ставшая третьей синагогой в Томске после Хоральной и Каминерской. В 1872 году на купленном на средства кантонистов усадебном месте по Нечаевской улице (ныне проспект Фрунзе, 15) было построено новое деревянное здание. В южной части подвального помещения здания было оборудовано помещение для выпечки опресноков (мацы).