Первый деревянный Воскресенский храм стоял на территории бывшего Богородице-Успенского мужского монастыря (упразднен в 1626 г.). Здание самой Воскресенской
церкви не один раз горело и к концу века окончательно обветшало. По примеру других
томских храмов, в 1789 г. состоялась закладка фундамента нового двухэтажного
каменного здания храма.
Строилась церковь с 1789 по 1807 гг. на средства прихожан. Сегодня Воскресенская
церковь представляет собой один из ярких и уцелевших образцов сибирского барокко
рубежа 18 и 19 веков.
Храм стал известен в научных работах по отечественной истории, как место, где 5 октября
1858 г. состоялось венчание сосланного в Томск выдающегося общественного деятеля,
философа, теоретика анархизма Михаила Александровича Бакунина с томской дворянкой
Антониной Ксаверьевной Квятковской. В наши дни имя самого известного русского
анархиста носит одна из старейших городских улиц, ведущих к храму.
К западу от храма, на краю обрыва, была сооружена невысокая колокольня на каменных
опорах для тысячепудового колокола, отлитого в 1896 г. по инициативе томского купца
Андрея Афанасьевича Васильева, ссудившего на выплавку колокола три тысячи рублей
серебром. Колокол был отлит в честь, состоявшейся в мае 1896 г., коронации царя
Николая II и царицы Александры Федоровны. Звонница для тысячепудового колокола
была построена осенью 1897 г. по проекту архитектора Петра Федоровича Федоровского.
В годы Советской власти царь-колокол был снят и отправлен на переплавку, а церковь в
1936 г. была закрыта. В последующие годы в помещении церкви находился Госстройтрест
(курсы и общежитие рабочих), гараж для машин, затем зерносклад. В 40-е годы в здании
Воскресенской церкви разместился Центральный государственный архив РСФСР
Дальнего Востока.
16 августа 1996 г. церковь была вновь освящена и после реставрации открыта для
верующих.