Здание построено в начале 1860-х гг. (имя архитектора неизвестно) купцом Некрасовым.
В середине 1860-х гг. дом Некрасовых приобрёл купец Иван Иванович Кокшаров. Кокшаров владел кожевенным заведением, занимался добычей золота, но в 1869, переживая экономические трудности, продал дом духовному ведомству под Духовное училище. С 1869 по 1873 гг. смотрителем училища был назначен выпускник Санкт-Петербургской духовной Академии Петр Иванович Макушин.
Училище содержалось за счет средств Томской Епархии, поэтому в него долгое время принимали только детей духовенства в возрасте 10-11 лет. В программу училища были включены предметы: русский, церковнославянский, греческий и латинский языки, арифметика, география, черчение, рисование, чистописание и церковное пение. В 1909 г. в училище разрешили принимать детей из других сословий. Сироты и дети солдат обучались бесплатно. Духовному училищу оказывали финансовую поддержку томские купцы.
После 1911 г. Духовное училище переехало в освободившиеся здания Томского епархиального женского училища со своей домовой церковью (К. Маркса, 22), а старое здание мужского училища сдавалось 2-й мужской гимназии по 1918 г.
С 1928 г. по 1993 г. в этом здании находился Томский сельскохозяйственный техникум. С 1998 г. техникум уступил место Томскому сельскохозяйственному институту. В течение трех лет здесь была проведена масштабная реконструкция для нужд ВУЗа.