Проект тюремного замка, составленный архитектором Вейгелем, был утверждён в 1838 году. Замок предполагалось построить за 4 года, начиная с 1841 г.
Планировка места для строительства тюрьмы было поручено губернскому архитектору Суворову. Этим местом стала территория в нагорной части города у северо-западной кромки Троицкого мыса. При смене стен Тобольского кремля в 1782 г. и разборки ветхой Троицкой церкви в 1791 г. образовалась значительная свободная площадка. После переезда Вейгеля в Пермь работами продолжали руководить несколько архитекторов, строительство завершил титулярный советник Черненко.
В период 1846-1849 годы строительство Тюремного комплекса в основном было закончено, но при приёме помещения боковых одноэтажных флигелей комиссия сочла слишком высокими, и их уменьшили. Эти и другие переделки, а также достройка церкви, задержали открытие тюрьмы до 1855 года.
На Тюремный замок были возложены содержание арестантов в крепости, отправка их на каторжные работы и поселение.