Предпосылками для создания музея стало открытие по инициативе секретаря тобольского Губернского статистического комитета Ивана Юшкова при Тобольском Губернском управлении в апреле 1870 года экспозиций, состоящих из коллекции предметов по истории и этнографии Сибирского края.
Осенью 1890 года тоболяки на свои деньги построили для первого краеведческого музея Сибири специальное здание. Созданное в том же году общество «Тобольский губернский музей» возглавил тобольский губернатор А.Н. Тройницкий. Этот период ознаменовался расцветом научной и общественной деятельности Тобольского музея, который становится центром изучения истории, экономики и природы Сибири. Он принимает участие в крупных Всероссийских и Международных научно-хозяйственных выставках, его коллектив занимается изучением этнографического наследия и кустарных ремесел местных народов, проводит ежегодные экспедиции по северным территориям Тобольской губернии.