Купчино - одно из древнейших названий на карте современного Санкт-Петербурга - возникло по крайней мере за сто лет до основания Северной столицы. В середине XVI в. здесь, на территории Никольского Ижорского погоста Ореховского уезда Водской пятины Новгородской земли, на волне масштабного освоения этих мест русским населением возникла деревня Купчино или Купцово. Она располагалась в среднем течении реки Волковки (ныне - Волковка).
Пережив социально-экономический кризис 1570-1610-х гг. и Смутное время, жители деревни в 1611 г. спасались на оккупированной шведами территории, которая по условиям Столбовского мирного договора 1617 г. отошла в состав Шведского королевства. Впервые деревня упоминается в 1619 г. в переписи зафиксированной в документах названной деревней Купцово, состоявшей из 4 дворов. Это имя - от слова «купец» - могло принадлежать и основателю деревни, и жителям деревни, занимавшимся православной религиозной торговлей. В шведских писцовых книгах 1656-1658 гг. Купчино уже упоминается как пустошь. С возвращением этих земель в состав России в 1703 г. и в ходе Северной войны, русская армия занимает укрепленные шведские погосты, и на русских картах начала XVIII в. появляется деревня Купцова. После основания Санкт-Петербурга население в деревне снова стало меняться. На смену финно-угорским народам вновь пришли славяне, которые по созвучию переиначили к 1710 г. название до Купцова, а потом и до Купчино.
По новому межеванию в 1711 г. ряд деревень и пустошей по берегам Волковки передается строящемуся Александро-Невскому монастырю (будущей Лавре). В том числе упоминается деревня Купцова (Купчино). К этому году в деревне насчитывалось 5 крестьянских дворов и 5 бобылей. В составе монастырской пустоши была передана и соседняя деревня Князево, основанная еще при царе Петре I, в 1718 г. Купчино было возвращено Александро-Невскому монастырю. С этого времени деревня Купчино делилась, с одной стороны, на земли монастырского (впоследствии монастырского) деления 1727 г. и вошла в состав Колпинской мызы Санкт-Петербургского уезда, а с другой — в состав Царскосельского уезда.
В 1764 г. монастырские земли были секуляризированы, и часть крестьян, которые после секуляризации считались «экономическими» (государственными) крестьянами, была приписана к Колпинской мызе. В 1782 г. деревня Купчино входила в состав Колпинской мызы и располагалась на Московском тракте — части оживленного торгового пути, проходившего от столицы к югу. В 1790-х гг. в деревне насчитывалось 12 дворов, а в 1800 г. — 14. В это время в Купчино уже была своя церковь, а рядом с ней — кладбище. В начале XIX в. деревня Купчино входила в состав Александро-Невской волости 2-го стана Санкт-Петербургского уезда. В 1817 г. в деревне насчитывалось 18 дворов, а в 1831 г. — 20. В 1838 г. в деревне проживало 98 мужчин и 91 женщина. В 1840-х гг. в деревне насчитывалось 25 дворов. В 1850-х гг. в деревне Купчино было 27 дворов, в которых проживало 142 мужчины и 132 женщины. В 1860-х гг. деревня входила в состав Александро-Невской волости 2-го стана Санкт-Петербургского уезда. В 1862 г. в деревне насчитывалось 27 дворов, 142 мужчины и 132 женщины. В 1885 г. в деревне насчитывалось 42 двора, 273 жителя обоего пола. В 1905 г. в деревне официально проживало 342 человека, имелось 62 двора.