Во время реконструкции Летнего сада были убраны более ста деревьев, однако часть старых деревьев уцелела — это деревья, которым удалось выстоять в наводнения и блокаду Ленинграда. Вдоль Парадного партера растут липы с искорёженными стволами — по всей видимости, около 200 лет назад их стригли «шариком» для регулярного сада; несколько старовозрастных каштанов находятся у ограды Шарлеманя; единственный старинный вяз сохранился в Красном саду. Самый старый дуб Летнего сада — петровского времени — сохранился напротив Чайного домика, ему порядка 280 лет, он отмечен табличкой.