Первая домовая церковь Горного Кадетского Корпуса была освящена во имя преподобного Макария Египетского 1 февраля 1805 г. Впоследствии при перестройке корпуса современная церковь была перенесена в центральный ризалит флигеля по 21-й линии В.О. и освящена 10 апреля 1810 г.
Церковь была отстроена в классическом стиле, фасад церкви украшен лепкой в виде расходящихся лучей. Особенностью церкви были малахитовый запрестольный крест и образа Преображения и Воскресения Христова, сложенные из разных пород камней с самородками золота. В 1918 году церковь была закрыта, внутреннее убранство утрачено, в разное время помещение использовалось как кино- и спортивный зал.
В 2000-х гг. были проведены реставрационные работы, 7 июля 2004 год состоялось освящение домовой церкви института.