В годы блокады Ленинграда в Спасе-на-Крови размещался морг, сюда свозили погибших ленинградцев. Как и большинство зданий города, собор пострадал от артналётов. На южном фасаде собора намеренно не стали реставрировать след от осколков снаряда, а в память о тех трагических днях в истории города установлена табличка: «Это следы одного из 148478 снарядов, выпущенных фашистами по Ленинграду в 1941-1944 гг.».