С 1716 года на этом месте существовала деревянная пристань, к которой швартовался личный катер коменданта Петропавловской крепости. Именно в его честь она и получила своё название — Комендантская пристань. К концу 1760-х годов, в рамках масштабных работ по облицовке крепости гранитом, деревянную пристань заменили каменной. Новый причал представлял собой широкий каменный мост с тремя арками, ведущий к спуску в Неву.
С Комендантской пристани заключённых крепости отправляли в ссылку — такие мрачные отбывания происходили ночью, чтобы не нарушать спокойствие дневной жизни столицы. Однако у этого места была и торжественная сторона: здесь ежегодно проходила церемония открытия навигации по Неве. Комендант черпал кубком воду из реки и доставлял её императору в Зимний дворец. Монарх выливал воду и наполнял кубок серебряными монетами. После этого со стен Петропавловской крепости производился пушечный выстрел — знак того, что навигация на Неве официально открыта.