История института начинается от Императорской родильни, основанной в 1797 г. по инициативе супруги Павла I, Марии Фёдоровны, и основоположника отечественного акушерства Н.М. Максимовича-Амбодика.
В 1893 г. директором становится Д.О. Отт. При нем на данном участке строится новое здание, предназначенное для клиники. К строительству были привлечены Г.Я. Леви, Н.Е. Лансере, В.Ф. Коврайский, О.Р. Мунц. Ход строительства контролировала комиссия во главе с Р.А. Гедике. В 1904 г. Институт был торжественно открыт.
Главный корпус выходит на Менделеевскую линию, в нем находились научно-учебные помещения, родильное и гинекологическое отделения. В крыльях расположены квартиры, хозяйственные помещения, комнаты прислуги, конюшни. Фасады здания решены в стиле поздней классической эклектики.