Церковь милующей иконы Божией Матери была построена по заказу Морского ведомства в память коронования императора Александра III и императрицы Марии Фёдоровны.
Здание является прекрасным образцом архитектуры неовизантийского стиля. В 1932 году церковь была закрыта и передана учебному отряду подводного плавания, в результате чего всё внутреннее убранство храма было полностью утрачено. В здании был оборудован бассейн учебного отряда подводного плавания при Галерной гавани, а под куполом устроена барокамера. В 2000 г., после аварии АПЛ «Курск», церковь отказалась от претензий на возвращение здания храма Милующей иконы Божией Матери, сочтя использование его уникальных возможностей для тренировки водолазов-спасателей богоугодным. Однако в декабре 2012 г. храм был официально возвращён РПЦ; начаты реставрационные работы, в храме проводятся службы по расписанию.