Первый православный храм на территории Черноморского округа. Сооружен в память окончания Кавказской войны. Возводился храм на территории бывшего Навагинского укрепления в Даховском посаде. В качестве строителя собора выступил статский советник агроном А. В. Верещагин. План и рисунки храма выполнял Московский архитектор А. С. Каминский. Закладка церкви состоялась 26 мая 1874 г. 24 сентября 1891 г. состоялось торжественное освящение нового собора. В 1929 г. начинается кампания по закрытию собора. В 1931 г. храм был закрыт, а затем передан под склад, где он размещался до начала ВОВ. Храм был возвращён верующим в 1944 г. без возмещения церковного имущества. В 1981 г. здание собора поставлено под охрану государства как памятник культовой архитектуры. В 1992—1994 годах собор был отреставрирован по проекту сочинского архитектора Ф. И. Афуксениди, который вернул храму первоначальный архитектурный облик.