Собор в честь иконы Божией Матери Черниговской-Гефсиманской — это православный храм, построенный в 1886 году в русском стиле по проекту инженера-архитектора Н. В. Султанова. Его возведение было связано с необходимостью принять многочисленных паломников, прибывающих к пещерному отделению скита, где происходили чудесные исцеления по молитвам перед иконой Черниговской Божией Матери. Фундамент собора был специально устроен на влажной почве, чтобы сохранить подземные пещеры в неприкосновенности. Освящение нового каменного собора состоялось 26 августа 1894 года. Собор стал центром духовной жизни скита, а его культурное значение связано с многочисленными чудесами, приписываемыми иконе, и с историей монашества в России. В XIX веке здесь активно развивалась традиция уединённого и аскетического монашества, а сам скит был местом притяжения для верующих со всей страны. В 1989 году собор был возвращён Церкви, что стало важным этапом в восстановлении духовной жизни и исторического наследия скита.