Архитектура храма — хороший деревянный русский стиль, характерный для рубежа XIX—XX вв., он встречается во многих сельских церквях Уфимского уезда и губернии. Здание рублено из бревен «в лапу», обшито тесом и в настоящее время окрашено в белый цвет с желтой отделкой, крыша и купола голубого цвета. Храм семикупольный. Необычен вид крестов — из зеркального стекла, вставленного в чугунные рамки.
Иконостас резной, четырехъярусный. Все иконы написаны в строго церковном стиле, по образцу древневизантийских. По богатству иконостаса и внутреннего оформления Крестовоздвиженский храм — один из первейших в Уфе.
С 1998 года по настоящее время настоятелем храма является протоиерей Роман Хабибуллин. В здании бывшего училища глухонемых, возвращенном церкви, несколько лет под его директорством действовал Уфимский центр православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Также существует православное братство. Важной стороной жизни Крестовоздвиженского прихода стала миссионерская деятельность.