В 1589 году современное Царицыно, а тогда пустошь Чёрногрязская, входила в состав земель государева села Коломенского. Предания, пока не подтверждённые документами, относят устройство здесь больших прудов для разведения рыбы к 1600 году. Хозяйкой пустоши в это время единогласно называют царицу Ирину Фёдоровну, супругу царя Фёдора Иоанновича и сестру Бориса Годунова. Потому и большой пруд в Царицыне был известен как Цареборисов пруд. Вплоть до ХХ века в прудах изредка попадались рыбакам огромные и очень старые экземпляры рыб. Например, 7 июня 1914 года был пойман осётр весом 1 пуд 18 фунтов (около 23 кг 200 г). Газеты того времени напечатали фотографию рыбаков с пойманным осетром, но в тексте писали: «Рыболовы уверяют…», показывая этими словами, что не вполне доверяют рыбацким рассказам.
В середине XVII века бояре Стрешневы строят в Чёрной Грязи свой двор: так возникает усадьба. В 1683 году в усадьбе срубили деревянную пятиглавую церковь во имя иконы Богоматери Живоносный Источник, а усадьбу некоторое время называли селом Богородским. В 1714 году усадьба перешла к Д.К. Кантемиру.