Станция «Чистые пруды», или «Кировская», как она называлась до 1990 года, была открыта 15 мая 1935 года. Из-за сложных гидрогеологических условий – насыщенных водой грунтов – изначальный проект не удалось реализовать полностью. Лишь в 1971 году была проведена реконструкция.
Во время Великой Отечественной войны станция была закрыта для пассажиров – с июня 1941 по апрель 1945 года поезда проезжали её без остановки. В это время здесь работал секретный командный пункт Генерального штаба Красной армии и системы ПВО Москвы.