Ботанический сад основан в 1957 году жителем дома 8 по Фрунзенской набережной Павлом Ивановичем Травниковым. Сад является уникальным памятником природы, созданным руками человека, в котором произрастает более 250 видов растений, 15 из которых входят в Красную Книгу Москвы, Московской области и Российской Федерации.
Ботаническому саду "Сад имени П.И. Травникова" присвоен статус Особо охраняемой природной территории (ООПТ) постановлением правительства Москвы №680-ПП от 2 июня 2020 года.
Функции охраны, организации содержания и использования ботанического сада осуществляет Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова".
На данной территории установлен дифференцированный режим ее охраны и использования с учетом особенностей ООПТ.
Сад временно закрыт на реконструкцию.