Данилов монастырь имеет статус ставропигиального, что означает, что его настоятелем является Святейший Патриарх Московский и всея Руси. Повседневные дела монастыря находятся под управлением наместника. В основу богослужебной жизни возрожденного монастыря был положен Устав Троице-Сергиевой лавры, и многие из монахов здесь — постриженики лавры. Основные обязанности братии связаны с участием в богослужениях: священноиноки проводят службы, исповедуют прихожан, поют и читают на клиросе. Иноки молятся за живых и усопших, и молитва за весь мир всегда была и остается главной задачей монастыря. Храмы монастыря всегда открыты для прихожан.
С 1989 года при монастыре действует воскресная школа. В обители также работают Центр духовного развития детей и молодежи, курсы регентского и певческого мастерства, курсы звонарей, а также художественные и иконописные мастерские.
Знаковым событием в современной истории монастыря стало празднование 700-летия со дня кончины святого благоверного князя Даниила. 6 сентября 2003 года прошел крестный ход, который стал кульминацией торжеств. В нем приняли участие тысячи священнослужителей и мирян. После литургии в Успенском соборе Кремля крестный ход направился к Данилову монастырю, неся икону святого князя Даниила, написанную специально для этого случая. В это время другой крестный ход с мощами святого Даниила вышел из монастыря к Даниловской площади. Оба крестных хода соединились у памятника князю Даниилу, где состоялся торжественный молебен.
После долгих лет переговоров в монастырь вернулись исторические колокола. Первый колокол, «Будничный», был доставлен из Нью-Йорка в Москву 8 сентября 2007 года, а в сентябре 2008 года монастырь вновь услышал звон своих колоколов. Ежегодно в сентябре в Даниловом монастыре проводится Фестиваль колокольных звонов, на котором выступают лучшие звонари России.
Сегодня Данилов монастырь, старейший в Москве, продолжает свою многовековую историю. Он является духовно-административным центром Русской Православной Церкви и резиденцией Патриарха. Земля монастыря — священное место для православных, где уже более семи веков возносятся молитвы ко Господу. Жизнь монастыря по-прежнему проходит под покровительством его основателя, святого князя Даниила.