Святые врата монастыря с надвратным храмом в честь Покрова Пресвятой Богородицы и двухъярусной ажурной колокольней были построены по указу царя Петра I в 1690 году. Ранее на этом месте находилась первая Покровская церковь, но она была разобрана для возведения Боголюбского храма. В указе о строительстве Петр I отметил, что сооружение посвящено памяти его дядей, Ивана и Афанасия Нарышкиных, погибших из-за него, что и объясняет наличие двухъярусной колокольни.
В 1924 году Покровская церковь была закрыта, а в 1996 году храм над вратами восстановлен. Сейчас он соединен с настоятельским корпусом и является домовым храмом игумена монастыря.
В 1905 году в южном пролете Святых врат, выходящем на улицу Петровка, была освящена часовня в честь Казанской иконы Божией Матери. Часовня была закрыта в 1923 году, а в 2001-м вновь открыта. Ее главной святыней является чудотворная икона Пресвятой Богородицы «Казанская».