Заповедник находится на юго-западе Среднерусской возвышенности в Курской области, его границы неоднократно менялись. Заповедник расположен в юго-западной части Среднерусской возвышенности, на территории Медвенского, Мантуровского и Горшеченского районов Курской области, общая площадь которого составляет 5287,4 га. Представляет собой 6 кластеров, отдаленных друг от друга на более 150 км. Является особо охраняемой природной территорией, создаваемая с целью сохранения природных экосистем.