Здание имеет сложную историю строительства. Первая каменная постройка на месте университета (жилой дом) была возведена в первой половине XIX века. В 1862 году по проекту архитектора А.С. Андреева произведена её реконструкция для женского епархиального училища. По его же проектам в 1864-1865 и 1871-1874 годах сделаны сначала западная пристройка, потом южная. Последняя крупная реконструкция и надстройка осуществлена архитектором И.А. Чарушиным в 1934-1937 годах. 14 декабря 1922 года институту было присвоено имя В.И. Ленина с его личного согласия. Здесь 2 февраля 1928 г. выступал перед студентами и преподавателями В.В. Маяковский. В институте многие годы преподавали видные учёные, исследователи истории и культуры края: К.В. Дрягин, Н.М. Каринский, Б.С. Лукаш, П.Н. Луппов, В.А. Танаевский, А.В. Эммаусский и другие.