Сегодня в здании консистории располагается Академия наук Республики Татарстан. Г-образное в плане здание бывшей консистории состоит из ряда разновременных частей. Наиболее древняя восточная часть его стоит на остатках древней белокаменной оборонительной стены, фрагмент которой, примыкающий к Консисторской башне с севера, можно видеть и сегодня.
На ней надстроена кирпичная русская стена XVI-XVII вв. с бойницами, использующаяся как западная стена Консистории.
В этой части здания прослеживаются металлические связи древнего подвального помещения, вероятно, XVII-XVIII вв.
Казанская духовная консистория, как вспомогательный орган епархиального управления при архиерее была создана в 1739 г.
Членами консистории были священники, но основной персонал составляли чиновники в классных чинах. Фактически консистории были государственными органами по управлению православной церковью и играли в жизни епархии даже более важную роль, чем архиереи. Западное крыло здания представляет собой типичный образец русского классицизма середины XIX в.