Памятник татарской культовой архитектуры второй половины XIX в. С её возникновением образовался второй, официально зарегистрированный мусульманский приход в Казани.
Первоначально здесь располагалось пять окон - по фасаду здания, но в 1872 г. прихожане, собрав деньги, соорудили с северной стороны - двухэтажный в три оконных оси кирпичный пристрой с лестницей. В 1881 г. Исхак Губайдуллович Юнусов возвел вокруг мечети кирпичную ограду и построил в ней одноэтажную лавку, которую уже в 1887 г. купец Апанаев расширил и надстроил вторым кирпичным этажом. Одним из первых имамов Апанаевской мечети был Салих Сагитов. Он прославился как высокообразованный мударис (преподаватель).
В этот период Апанаевская мечеть относилась к самой богатой махалле (уголку) города, родовому гнезду знаменитой купеческой фамилии Апанаевых. Поэтому содержание храма и его священнослужители считались одними из лучших в Казани.
Здание мечети построено на средства купца Якупа Султангалеева.