Первый деревянный Богоявленский храм на этом месте существовал уже в конце XVI в.
Храм был построен на средства купца Сергея Александровича Чернова. Весьма крупный пятиглавый храм представляет собой памятник архитектуры в стиле русского барокко.
В XVIII в. сложился своеобразный архитектурный комплекс, включавший кроме главного храма зимнюю церковь во имя Андрея Первозванного (снесена в советское время), стоявшую с северной стороны от Богоявленской, невысокую двухъярусную колокольню с шатровым завершением, стоявшую со стороны нынешней улицы Островского (снесена в 1909 г.), дом причта, построенный в конце XVIII в., расположенный с западной стороны, и еще один дом, принадлежавший церкви, фасадом на улицу Проломную (Баумана) стоял на месте нынешнего памятника Шаляпину. Стоит отметить, что в 1873 г. Федор Иванович Шаляпин был крещён в этом соборе.
В советское время, вплоть до закрытия в 1939 г., Богоявленская церковь являлась кафедральным собором. К сожалению, в 1950-е гг. храм Андрея Первозванного был снесен, а Богоявленская церковь, в которой находился спортивный зал Казанского университета, была сильно обезображена: снесены главы и заштукатурен декор. Церковь возвращена общине в 1997 г.
Сегодня храм является действующим. Богослужения совершаются ежедневно.