Нижний пруд имеет искусственное происхождение. Пруд был создан в 1256 году, когда рыцари Тевтонского ордена из расположенного рядом замка Кёнигсберг запрудили земляной дамбой речку-приток Преголи. Вода пруда использовалась для наполнения рвов замка, на пруду также была устроена водяная мельница, в связи с чем первоначально пруд назывался Мельничным.
Нижний пруд является самым старым рукотворным сооружением Калининграда, сохранившимся до наших пор. В Средних веках пруд использовался для водоснабжения города. Но постепенно пруд оброс разными постройками, жители стали выбрасывать в него мусор и нечистоты, из-за чего пруд постепенно превратился в рассадник заразных болезней. Город не мог изменить ситуацию, так как пруд и прилегающая территория были королевской собственностью. Только в 1810 году город смог выкупить пруд.
В 1753 году через пруд перекинули пешеходный мост. В 1869 году здесь случилась трагедия: во время посещения Кёнигсберга королём Вильгельмом I мост рухнул, не выдержав наплыва публики. Погибло 32 человека.
После войны пруд был переименован из Замкового в Нижний, хотя ещё до пятидесятых годов в разговорной речи пруд продолжали называть Замковым или Королевским.
В восьмидесятых годах территория вокруг пруда была облагорожена.