Университетское здание было заложено 31 августа 1844 года при личном участии короля Фридриха Вильгельма IV. Непосредственно строительство по проекту архитектора Фридриха Августа Штюлера началось в конце 1856 года. Здание в неоренессансном стиле было торжественно открыто 20 июля 1862 года. В 1925-1928 годах, по проекту Роберта Либенталя, к зданию был пристроен северный флигель.
Во время английских августовских бомбардировок 1944 года университетское здание полностью выгорело, в ходе штурма Кёнигсберга в апреле 1945 года - получило дополнительные разрушения. Восстановлено с потерей галереи и декоративных элементов в 1963-1965 годах. В первые годы после восстановления в здании располагалась школа, с 1967 года по настоящее время - университетский корпус.