Стены и башни монастырской ограды начали строиться в одно время с надвратной церковью, но закончены были несколько раньше – в 1694 году. Как и в прежней деревянной ограде, башен восемь, хотя форма ограды и изменилась, приняв вид несимметричного многоугольника. Все башни завершаются шатрами сложной формы: на большой шатер поставлен световой барабан с маленьким шатровым завершением. Форма башен разная – есть восьмигранные, есть круглые, а есть восьмигранные с цилиндрическим верхом. Не похожа на остальные западная Елизаветинская башня с проездными воротами. Названия башни получили в XVIII веке, отчасти по аналогии с Иерусалимскими воротами: Дамасская, Гефсиманская, Сионская, Ефремова и Давидов Дом. Северо-западная угловая башня носит название Иноплеменничей, а башня в северной стене – Варуховой. Внутреннее пространство башен разделено перекрытиями на два этажа, верхние из которых, с круглыми окнами, использовались как кельи, а нижние – как хозяйственные помещения.