Клопская обитель впервые упоминается в летописях в 1408 г., на тот момент она уже существовала, на её территории стояли две церкви и трапезная. В смутное на Руси время обитель была полностью сожжена и разорена шведами, голые стены стояли после их нашествия 20 лет, до того времени, как под руководством царя Михаила Фёдоровича она не была восстановлена. В XVI веке Клопская обитель вследствие различных неблагоприятных условий начала клониться к упадку, число братии сократилось до 10 человек. Из мужской она была переведена в женскую с таким количеством сестёр, сколько могли содержать её в хорошем состоянии. В 1923 г. монастырь передан Новгородскому музею, у которого не было возможности обеспечить его сохранность. Постепенно постройки разбирали на кирпичи. В 1934 г. монастырь был закрыт и только в 2005 г. возвращён Новгородской епархии.